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Ce virus du coton hantait les champs américains depuis 20 ans en silence
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Le fantôme qui fait trembler les récoltes

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Un ennemi silencieux rôdait dans les champs de coton américains depuis plus de vingt ans, passant complètement sous les radars des systèmes de surveillance. Aujourd’hui, le retour de symptômes que l’on croyait oubliés met toute une filière face à une réalité dérangeante : la menace n’est pas nouvelle, elle était simplement invisible.

Quand le ‘nouveau’ virus était déjà un vieil habitué

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Officiellement classé comme pathogène émergent en 2017 sous le nom de cotton leafroll dwarf virus (CLRDV), ce virus est en réalité un fantôme du passé. Des chercheurs du service de recherche agricole de l’USDA et de l’université Cornell ont eu la curiosité de fouiller dans les archives génétiques publiques. Leurs découvertes sont stupéfiantes : ils ont retrouvé sa trace dans des échantillons datant de 2006 au Mississippi, puis de 2015 en Louisiane.

Ces vieilles séquences génétiques correspondent à plus de 98 % aux souches qui circulent aujourd’hui. Autrement dit, le virus n’est pas arrivé hier. Il était là, bien implanté, évoluant discrètement pendant que tout le monde regardait ailleurs.

En Californie, la preuve par le terrain

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Pour s’assurer qu’il ne s’agissait pas de simples fantômes numériques, les scientifiques ont mené l’enquête sur le terrain. En 2023, des prélèvements en Californie ont confirmé ce que les données suggéraient : le virus est bien actif, marquant sa première détection officielle dans cet État clé de la production agricole américaine.

Les résultats, récemment publiés dans la revue Plant Disease, vont plus loin. Ils montrent que la lignée du virus présente aux États-Unis est distincte de ses cousines sud-américaines. Cela renforce l’hypothèse d’une évolution locale, autonome, qui a prospéré à l’ombre des certitudes agronomiques.

Un virus aux ramifications insoupçonnées

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Jusqu’où cette infiltration silencieuse s’est-elle étendue ? Une découverte pour le moins inattendue donne une idée de son ampleur. Des traces du virus ont été identifiées dans l’intestin d’une vache californienne, probablement après que l’animal a ingéré du fourrage contaminé.

Ce cas, presque anecdotique, est pourtant révélateur. Il illustre à quel point le CLRDV s’est immiscé dans l’écosystème agricole sans jamais déclencher la moindre alarme. Un rappel que la nature a ses propres réseaux, souvent bien plus complexes que ceux que nous surveillons.

En Géorgie, le réveil est brutal

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Aujourd’hui, les conséquences de cette longue période d’incubation éclatent au grand jour. En Géorgie, des agriculteurs ont vu réapparaître sur cinq variétés de coton commerciales des symptômes d’une maladie que l’on pensait reléguée aux années 1990 : le « flétrissement bronzé ». L’agronome Camp Hand, de l’Université de Géorgie, a été l’un des premiers à tirer la sonnette d’alarme.

Le diagnostic est sans appel : c’est bien le CLRDV qui est à l’œuvre. Et le coût est bien réel, avec des pertes de rendement estimées à 450 kg par hectare. Pour les agriculteurs, c’est un véritable casse-tête : faut-il abandonner des variétés très performantes mais vulnérables ? La question se pose aussi pour les semenciers, suspectés d’avoir involontairement réintégré le virus dans certaines de leurs lignées.

Conclusion : l’agriculture face à sa mémoire génétique

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L’affaire du virus du coton est bien plus qu’une simple histoire de pathogène. C’est une leçon d’humilité qui force toute une filière à repenser ses stratégies. Elle démontre que l’inaction face à des signaux faibles, cachés dans des montagnes de données génomiques, peut coûter très cher.

L’avenir de la protection des cultures réside peut-être moins dans la réaction à une épidémie déclarée que dans la capacité à jouer les détectives dans le passé. En exploitant ces vastes archives génétiques, on pourrait débusquer les menaces de demain avant même qu’elles n’aient un nom, ou qu’elles ne fassent le moindre dégât visible.

Selon la source : science-et-vie.com

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