Vos amis pourraient bien décider de ce qui vit dans votre intestin

Une communauté invisible et sociale

On a souvent tendance à oublier ce qui se passe à l’intérieur de nous, n’est-ce pas ? Pourtant, notre intestin est littéralement bondé. Il abrite des milliers de milliards de petits êtres vivants. C’est tout un monde là-dedans. Ces micro-organismes font un travail colossal : ils aident à décomposer nos aliments, entraînent notre système immunitaire comme des petits soldats, et fabriquent même des substances chimiques dont notre corps a désespérément besoin. L’ensemble de cette communauté, c’est ce qu’on appelle le microbiome intestinal. On sait depuis un moment qu’il change constamment, un peu comme la météo, en fonction de ce qu’on mange ou des médicaments que l’on prend.

Mais voilà, il y a une chose qui a toujours été plus compliquée à cerner : le rôle de nos gènes. Bien sûr, nous héritons de l’ADN de nos parents, c’est la base. Mais nous ne vivons pas dans une bulle hermétique, loin de là. Nous partageons notre vie avec d’autres personnes, et même avec des animaux. Eh bien, une nouvelle étude menée sur des rats suggère que ces interactions sociales jouent un rôle inattendu, voire surprenant. Il semblerait que nos microbes intestinaux ne soient pas seulement façonnés par nos propres gènes… mais aussi par ceux de nos compagnons proches. C’est un peu fou quand on y pense, non ? Les microbes se propagent simplement par contact social, créant un lien biologique invisible entre nous et nos proches.

Le casse-tête génétique et la solution des rats

Pendant des années, les scientifiques se sont arraché les cheveux pour tenter de relier des gènes humains spécifiques à des bactéries intestinales précises. Franchement, les résultats n’étaient pas brillants. Jusqu’à présent, seulement deux gènes ont été liés de manière fiable aux bactéries intestinales. Il y a d’abord le gène de la lactase, celui qui détermine si les adultes peuvent digérer le lait et qui influence les microbes mangeurs de lait. Et puis, il y a le gène du groupe sanguin ABO, qui affecte les microbes par des mécanismes qui restent encore un peu mystérieux. Est-ce que ça veut dire que le reste de notre ADN ne sert à rien ? Pas du tout. C’est juste que la vraie vie est… désordonnée. On ne mange pas tous la même chose, on vit dans des endroits différents, on prend des médicaments variés. Même nos amis et nos familles partagent nos habitudes.

Tout ce bruit de fond rend extrêmement difficile de savoir si un microbe est là à cause de nos gènes ou simplement à cause de notre environnement quotidien. C’est un vrai sac de nœuds. Pour y voir plus clair, les chercheurs ont donc utilisé des rats. Pourquoi ? Parce qu’on peut les élever dans des conditions parfaitement contrôlées tout en gardant une biologie proche de celle des mammifères. L’étude a rassemblé des données génétiques et de microbiome provenant de 4 000 rats génétiquement uniques. Ils provenaient de quatre cohortes différentes, hébergées dans diverses installations à travers les États-Unis. Cette ampleur a permis de vérifier si les schémas restaient les mêmes malgré les changements de décor. Le co-auteur de l’étude, le Dr Abraham Palmer, professeur au département de psychiatrie de l’École de médecine de l’UC San Diego, a d’ailleurs souligné ce point. Il a expliqué que les choses vivant dans leur intestin sont similaires mais pas identiques. Ils voulaient savoir si la variabilité génétique de ces animaux influencerait ce qui vivait dans leurs entrailles.

Le Dr Palmer a ajouté que c’était une opportunité en or, car tous les animaux mangeaient exactement la même nourriture. Du coup, pas besoin de s’inquiéter que les gènes influencent le microbiome via des choix alimentaires capricieux, par exemple. C’est un système beaucoup plus simple et propre pour l’analyse.

Découvertes génétiques et contagion sociale

En fouillant dans les données de ces quatre cohortes, l’équipe a mis le doigt sur trois régions génétiques qui influençaient systématiquement les bactéries intestinales, peu importe où les rats étaient élevés. C’est assez fascinant. Le lien le plus fort concernait St6galnac1, un gène qui ajoute des molécules de sucre au mucus intestinal. Ce gène était directement connecté à la présence de Paraprevotella, une bactérie qui, vous l’aurez deviné, se nourrit de ces sucres. Ce lien a été retrouvé dans les quatre groupes, sans exception. Ensuite, les chercheurs ont repéré une région contenant plusieurs gènes qui aident à former la couche protectrice de mucus ; celle-ci était corrélée avec les bactéries de type Firmicutes. Enfin, une troisième région incluait Pip, un gène qui code pour un peptide antibactérien. Celui-là était associé aux Muribaculaceae, une famille de bactéries qu’on retrouve couramment chez les rongeurs, mais aussi chez nous, les humains.

Mais attendez, c’est là que ça devient vraiment intéressant. Les gènes ne sautent pas d’un corps à l’autre, c’est évident. Par contre, les microbes, eux, le font très bien. L’étude a révélé que certains gènes favorisent certaines bactéries intestinales, et que ces dernières peuvent se propager par contact social étroit. En gros, l’influence génétique d’un animal sur ses propres microbes finit par affecter ses compagnons de cage ! Le Dr Amelie Baud, auteure principale de l’étude et chercheuse au Centre de régulation génomique, a expliqué que c’est le résultat d’influences génétiques qui « débordent » sur les autres via le contact social. Elle précise que les gènes façonnent le microbiome intestinal, et qu’il ne s’agit pas seulement de nos propres gènes.

Pour mesurer cela, les chercheurs ont utilisé un modèle informatique sophistiqué. Ils ont pu séparer les effets génétiques directs sur les microbes d’un individu des effets indirects exercés par ses partenaires sociaux. Le fait que les rats aient été assignés à des partenaires sociaux aléatoires a grandement aidé. Comme le dit le Dr Palmer, cela élimine tous les problèmes qu’on aurait chez les humains, qui choisissent généralement leurs propres amis (heureusement pour nous !). Et les résultats sont frappants : quand l’équipe a pris en compte ces effets sociaux indirects, l’influence génétique totale dans le modèle a bondi de quatre à huit fois pour les trois liens gène-microbe identifiés. Ils ont aussi vu que l’abondance de certaines espèces de Muribaculaceae était façonnée par ces effets génétiques propagés socialement. Selon Baud, nous n’avons probablement découvert que la « pointe de l’iceberg », et bien d’autres microbes pourraient être identifiés à mesure que les méthodes de profilage s’améliorent.

Conclusion : Ce que cela signifie pour notre santé

Cette étude pointe vers une idée simple, mais aux conséquences potentiellement énormes : la génétique d’un seul individu peut se répercuter sur tout un groupe social en changeant quels microbes sont partagés et lesquels s’installent durablement. Si un mécanisme similaire existe chez les humains (et pourquoi pas ?), cela voudrait dire que les recherches passées ont peut-être largement sous-estimé la part de la génétique dans le risque de maladie, chaque fois que les microbes sont impliqués.

Le co-auteur de l’étude, le Dr Rob Knight, a tenu à nuancer en expliquant que les détails seront forcément différents chez l’homme par rapport au rat. On n’est pas des rongeurs, après tout. Cependant, il a noté que cette étude ouvre la voie pour comprendre les mécanismes par lesquels les gènes de l’hôte et ceux des microbes travaillent ensemble. Cela pourrait éclairer des maladies complexes où le microbiome joue un rôle, allant des maladies cardiovasculaires à l’obésité, et même jusqu’à la maladie d’Alzheimer. C’est une perspective qui donne à réfléchir sur nos interactions quotidiennes. L’étude complète a été publiée dans la revue Nature Communications.

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