Au Bangladesh, des chauves-souris identifiées comme la source d’une mystérieuse maladie respiratoire mortelle

Une énigme médicale enfin résolue

C’est une histoire qui ressemble à un roman policier médical, mais dont les conséquences sont bien réelles. Des chercheurs spécialisés dans les maladies infectieuses, notamment ceux de la Mailman School of Public Health de l’Université de Columbia, viennent de mettre un nom sur un coupable invisible. Ils ont identifié un groupe de virus transmis par les chauves-souris, appelés orthoréovirus ptéropins (PRV), comme étant à l’origine d’une maladie inexpliquée ayant frappé cinq patients au Bangladesh. L’un d’eux a malheureusement perdu la vie suite à cette infection mystérieuse. Cette découverte, publiée dans la revue Emerging Infectious Diseases (avec la référence DOI 10.3201/eid3112.250797 et datée de 2026), marque un tournant.

Pour être tout à fait précis, il s’agit de la toute première détection documentée d’un orthoréovirus d’origine chauve-souris — c’est un type de virus à ARN double brin, pour les amateurs de détails techniques — chez des humains souffrant de maladies respiratoires aiguës et d’encéphalite dans cette région. L’étude a été méticuleusement éditée par Sadie Harley et revue par Robert Egan, ce qui témoigne du sérieux de la démarche scientifique.

On se rend compte ici que la frontière entre la faune sauvage et la santé humaine est plus perméable qu’on ne le pense souvent. Ces résultats nous rappellent, si besoin était, que la nature garde encore bien des secrets, parfois dangereux, et que notre vigilance doit rester constante face à l’émergence de nouveaux pathogènes.

La piste de la sève de palmier et la confusion avec Nipah

Alors, comment ces cinq personnes ont-elles été contaminées ? L’enquête épidémiologique a révélé un point commun troublant : tous les patients avaient récemment consommé de la sève de palmier dattier crue. C’est une friandise locale très appréciée, surtout pendant les mois d’hiver, mais le problème, c’est que les chauves-souris en raffolent aussi. C’est d’ailleurs un vecteur bien connu pour les infections à virus Nipah au Bangladesh. Il faut dire que les chauves-souris sont le réservoir naturel d’une multitude de virus zoonotiques, connus ou nouveaux. On parle ici de la rage, du Nipah, du virus Hendra, de Marburg et même du SARS1. C’est une liste qui fait froid dans le dos, n’est-ce pas ?

Hospitalisés entre 2022 et 2023, ces cinq patients présentaient des symptômes qui laissaient présager une infection par le virus Nipah. Ils souffraient de fièvre, de vomissements, de maux de tête intenses, d’une fatigue accablante, et on notait même une salivation accrue ainsi que des complications respiratoires et neurologiques. Pourtant, et c’est là tout le mystère, ils ont tous été testés négatifs pour le Nipah. Nischay Mishra, Ph.D., qui est professeur associé d’épidémiologie au Centre pour l’Infection et l’Immunité (CII) de l’Université de Columbia et auteur principal de l’étude, a souligné un point crucial : « Nos résultats soulignent que le risque de transmission zoonotique associé à la consommation de sève de palmier dattier crue s’étend au-delà du virus Nipah ».

C’est une révélation importante, car elle suggère que nous avons peut-être sous-estimé les dangers. Tahmina Shirin, Ph.D., directrice de l’IEDCR (Institute of Epidemiology, Disease Control, and Research) et du Centre National de la Grippe au Bangladesh, a d’ailleurs ajouté qu’il s’agit d’une « nouvelle addition » aux causes de complications respiratoires et neurologiques suite à cette consommation traditionnelle, juste à côté de l’infection par le virus Nipah. Cela change un peu la donne pour les autorités sanitaires locales.

Une technologie de pointe pour traquer l’invisible

Pour résoudre cette énigme, les chercheurs n’ont pas lésiné sur les moyens technologiques. Dans cette nouvelle étude, ils ont utilisé un séquençage viral agnostique à haut débit avec le système VirCapSeq-VERT du CII. C’est un peu technique, je vous l’accorde, mais c’est fascinant : cette technologie, développée au CII, permet de dépister rapidement et efficacement toutes les infections virales d’origine vertébrée. Elle est aussi sensible que les tests PCR — qui sont pourtant la référence absolue — mais elle permet de tester simultanément des milliers de virus et de fournir des séquences génomiques quasi complètes. Nischay et ses collègues ont utilisé cet outil sur des échantillons biologiques prélevés sur les cinq patients infectés, mais pas seulement.

Ils ont également analysé des échantillons provenant de plus de 130 autres patients présentant des symptômes similaires au Nipah entre 2006 et 2022. Tout cela faisait partie d’un vaste programme de surveillance du virus Nipah établi par plusieurs institutions majeures : l’IEDCR au Bangladesh, l’ICDDR,B (International Center for Diarrheal Disease Research, Bangladesh) et les fameux CDC américains (Centers for Disease Control and Prevention). L’étude a non seulement identifié le virus génétiquement, mais elle a aussi confirmé sa présence infectieuse en le mettant en culture. C’est la preuve ultime.

Il est intéressant de noter que les cinq patients ont souffert d’une forme sévère de la maladie. Pourtant, des infections à PRV signalées ailleurs dans des pays voisins ont souvent été plus légères. Cela me laisse penser que les cas moins graves au Bangladesh passent peut-être inaperçus ou sont mal diagnostiqués, ce qui est assez préoccupant pour la surveillance épidémiologique.

Vers une meilleure compréhension de l’écologie virale

Au-delà du diagnostic, c’est toute l’origine de l’infection qui a été tracée. Dans une étude menée plus récemment (dont les données ne sont pas encore publiées), Mishra et ses collègues ont identifié des orthoréovirus ptéropins génétiquement similaires chez des chauves-souris capturées à proximité des cinq cas humains, près du bassin de la rivière Padma. Ariful Islam, écologiste des maladies transmises par les chauves-souris à l’Université Charles Sturt en Australie et co-premier auteur de l’étude, explique que cela fournit « une preuve critique reliant les réservoirs de chauves-souris à l’infection humaine ». Il précise qu’ils travaillent désormais à comprendre les mécanismes de transmission vers les humains et les animaux domestiques, ainsi que l’écologie plus large de ces virus dans les communautés le long de la rivière.

D’ailleurs, ce n’est pas la première fois que la technologie VirCapSeq-VERT fait ses preuves. Auparavant, Mishra et son équipe l’avaient utilisée pour identifier une menace virale chez des patients transplantés, des manifestations neurologiques chez un nourrisson atteint du COVID-19, ou encore les origines du chikungunya au Brésil. L’outil a même obtenu une approbation réglementaire pour une utilisation clinique, ce qui n’est pas rien. Pour finir, il faut saluer le travail de la co-première auteure de l’étude, Sharmin Sultana, professeure adjointe de virologie et officier scientifique principal à l’IEDCR. Comme le suggère Nischay Mishra, il est crucial de maintenir des programmes de surveillance à large spectre pour identifier et atténuer ces risques de santé publique qui nous pendent au nez.

Selon la source : medicalxpress.com

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