D’une saucisse artisanale à une arme potentielle contre le cancer : ces bactéries invisibles qui changent la donne

Quand la science se cache dans nos assiettes

Qui aurait cru qu’un simple morceau de charcuterie ou un lichen trouvé au fond d’une forêt thaïlandaise pourraient bouleverser ce que nous savons de la santé et de l’environnement ? C’est pourtant ce qui est en train de se passer. Récemment, des scientifiques ont identifié pas moins de treize nouvelles espèces de bactéries. Ces découvertes, qui semblent surgir de nulle part, redéfinissent silencieusement notre rapport au risque et au bénéfice biologique.

Le nom que l’on donne à ces microbes est crucial. Pourquoi ? Parce que c’est souvent la toute première étape pour comprendre si une bactérie va nous aider, nous nuire ou si elle peut être exploitée à bon escient. La dernière liste publiée par la Microbiology Society documente ces treize nouveaux venus, provenant de sources aussi variées qu’une saucisse traditionnelle monténégrine ou un lichen récolté dans le nord de la Thaïlande. C’est fascinant de voir comment le monde microscopique s’invite dans notre quotidien.

Le secret du Govedji Kulen et la traque des bactéries

Parlons un peu de cuisine, ou plutôt de microbiologie culinaire. Les saucisses artisanales comme le Govedji Kulen, une spécialité de bœuf séché du Monténégro, ne sont pas juste délicieuses : elles sont vivantes. Elles abritent des bactéries qui façonnent leur maturation et empêchent le tout de pourrir pendant le séchage. C’est le Dr Aleksandra Martinovic, Ph.D., de l’Université de Donja Gorica (UDG), qui a mené l’enquête. Son équipe a décrit une nouvelle espèce : Enterococcus montenegrensis.

À l’UDG, ses recherches traquent les microbes dans les aliments traditionnels. Pour elle, donner un nouveau nom n’est qu’un point de départ, certainement pas une validation de sécurité immédiate. Vous voyez, le sel, la fumée et le temps préparent le terrain pour la fermentation, où les microbes transforment les sucres en acides. Les entérocoques ajoutent de l’arôme et de la texture, et leurs acides – ainsi que les bactériocines – peuvent ralentir les germes alimentaires en endommageant leurs parois cellulaires. Mais attention, certains membres de ce groupe causent des infections hospitalières. Il faut donc être prudent.

C’est là que la technologie entre en jeu, mais elle a ses limites. Les laboratoires utilisent le MALDI-TOF, un test rapide qui lit les empreintes protéiques, mais il lui arrive de confondre des cousins bactériens très proches. Le Dr Martinovic a écrit : « L’analyse MALDI-TOF a identifié la souche comme Enterococcus canintestini (score log 2) ». Une erreur, en fait. Les comparaisons génomiques ont corrigé cette devinette du MALDI-TOF et confirmé que la souche de la saucisse méritait son propre nom d’espèce.

La sécurité avant tout, n’est-ce pas ? Pour valider ces bactéries alimentaires, on commence par lire leurs génomes pour y chercher des signaux d’alarme, comme la résistance aux antimicrobiens. Heureusement, ils n’ont trouvé aucune correspondance forte dans la souche de la saucisse. Les tests en laboratoire ont montré une sensibilité à la vancomycine et à la tétracycline. Cela dit, une utilisation dans le monde réel exigera toujours une surveillance continue et une sélection minutieuse des souches.

Des intestins de poulet aux eaux usées : le grand nettoyage

Changeons de décor pour nous intéresser à ce qui se passe… à l’intérieur des poulets. Leurs tractus digestifs regorgent de microbes, dont certains résistent aux méthodes de laboratoire standard qui passent souvent à côté. Une équipe a utilisé ce qu’on appelle la « culturomics » – une culture à haut débit traversant de nombreuses conditions de croissance – pour bâtir une bibliothèque de départ à partir du jabot et des intestins de poulet. Pourquoi se donner tant de mal ? Parce que ces collections permettent de tester comment les microbes traitent la nourriture, entrent en compétition ou réagissent aux additifs.

Les chercheurs ont isolé huit souches qui poussent sans oxygène et ont décrit de nouvelles espèces. Ce travail a ajouté sept espèces à des genres existants et a même introduit un tout nouveau genre : Faecalispora. Ces noms servent désormais de points de référence pour comparer les communautés microbiennes des volailles selon les fermes ou les régimes. D’ailleurs, les analyses ont suggéré que Clostridium jeddahense et Clostridium sporosphaeroides seraient mieux classés dans ce nouveau genre Faecalispora. Renommer peut frustrer les lecteurs, je vous l’accorde, mais cela évite les liens erronés, surtout quand la réglementation s’en mêle.

Et puis, il y a les eaux usées industrielles. C’est un environnement brutal où les produits chimiques se mélangent. Seules les souches capables de s’adapter survivent. Dans un système d’eaux usées pharmaceutiques du Zhejiang, des chercheurs ont nommé Comamonas resistens et Pseudomonas triclosanedens. Le nom Comamonas resistens est assez explicite : il pointe vers une résistance antimicrobienne, un avantage de survie là où les médicaments abondent. Trouver ce trait n’est pas une preuve de danger clinique immédiat, mais signale des pressions qui peuvent se répandre dans nos cours d’eau.

Le cas de Pseudomonas triclosanedens est peut-être plus porteur d’espoir. Elle a gagné son nom parce qu’elle dégrade le triclosan, un produit chimique antimicrobien tenace utilisé dans certains produits de consommation. Elle brise les liaisons chimiques qui rendent la molécule stable. Cette capacité pourrait soutenir le nettoyage des eaux usées, même si les ingénieurs doivent encore confirmer si cela fonctionne dans de vrais réacteurs avec des débits changeants.

Du bambou au cancer : espoirs et prudence

La nature a encore bien des tours dans son sac. Prenons le bambou. Ses tiges et ses feuilles hébergent des bactéries qui vivent discrètement à l’intérieur des tissus. Les chercheurs ont décrit Comamonas endophytica comme un endophyte, c’est-à-dire un microbe qui vit entre les cellules d’une plante. Lors du dépistage, cette nouvelle souche a produit de l’acide indole acétique. C’est une hormone végétale qui pousse, littéralement, la croissance des racines et des tiges. Quand les bactéries relâchent cette hormone près des racines, cela change la façon dont les cellules végétales se divisent et s’étirent. C’est prometteur, non ? Mais attention, les conditions de terrain comptent : les microbes du sol et la météo peuvent facilement submerger une seule souche utile introduite sur une graine.

Enfin, parlons d’une découverte qui pourrait toucher la médecine humaine. Les lichens forment une symbiose – deux espèces vivant ensemble pour un bénéfice partagé – et ils abritent aussi beaucoup de bactéries. Un lichen thaïlandais a permis de découvrir Actinoplanes pyxinae. Ce qui est incroyable, c’est que cette bactérie a inhibé le Staphylococcus aureus et a même endommagé des cellules cancéreuses cultivées en laboratoire.

Il faut garder la tête froide : ces premiers tests cellulaires peuvent signaler une chimie utile, mais ils ne montrent pas encore si un composé peut atteindre des tumeurs en toute sécurité chez une personne réelle. Néanmoins, l’ensemble de cette liste de microbes montre comment le lieu, la méthode et la génétique se combinent pour transformer des échantillons ordinaires en espèces nommées. Les travaux futurs testeront quels traits tiennent la route dans les aliments, les fermes et les usines de traitement. Cette étude complète est publiée dans l’International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.

Selon la source : earth.com

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